朝顔（上野樹里）たちのもとへ、緊急で２体の焼死体の解剖依頼が入る。
朝顔は、つぐみ（加藤柚凪）が通う保育園に延長保育を頼むと、光子（志田未来）や絵美（平岩紙）たちと手分けして解剖を行った。

光子たちの好意で先に法医学教室を後にした朝顔は、つぐみを迎えに行き、帰宅する。
と、そこに美幸（大竹しのぶ）から宅配荷物が届く。
その中には、まんじゅうや干物などの仙ノ浦土産のほかに、母・里子（石田ひかり）が合唱部時代に使っていたというピアノ譜も入っていた。
美幸によれば、仕入れの手伝いをしてくれている平（時任三郎）が金を受け取らないので、そのお礼代わりということだった。

あくる日、朝顔が出勤すると、光子や高橋（中尾明慶）、藤堂（板尾創路）がいた。
朝まで作業をしていたのだという。

そんな中、朝顔たちのもとに、男性の遺体が運ばれてくる。
男は清掃員で、配管のメンテナンス中にビルの屋上から転落したとのことだったが、安全ベルトを自ら外したという目撃情報が上がるなど、どこか奇妙だった。
他の案件で立て込んでいたこともあり、解剖は朝顔のサポート下で、光子が行うことになった。
ところがその執刀中、光子は誤ってメスで自身の指を傷つけてしまい...。

朝顔（上野樹里）は、つぐみ（加藤柚凪）と一緒に保育園の運動会に参加する。
同じころ、藤堂（板尾創路）や光子（志田未来）たちは、マンションの前で死亡していた21歳の大学生・小湊真由（愛甲ひかり）の解剖を行っていた。
真由は、全身を11カ所も刺されており、死因は背部刺創による出血性ショックだった。
真由が雑誌の人気読者モデルだったため、ＳＮＳ上にはこの事件に関するさまざまな情報が流れていた。
その中には、真由と親交があったモデル仲間の吉永明日花（水野瑛）や、かつて交際がうわさされた橘凛太朗（宮内伊織）の犯行を疑う声も上がっていた。

そんな折、高橋（中尾明慶）と牛島（望月歩）が解剖室の掃除をしていると、突然解剖台横の水道が壊れ、水が噴き出す事態が発生。
そのせいで、予定されていた解剖は別の大学に依頼することになってしまう。
翌日出勤した朝顔は、真由の事件について調べるという光子を手伝おうとした。
だが茶子（山口智子）は、修理が終わるまで休んで有休を消化するよう朝顔に指示する。

あくる日、朝顔は、つぐみを連れて仙ノ浦に向かい、平（時任三郎）と再会する。
その後、体調を崩して入院中の浩之（柄本明）を見舞う朝顔たち。
そんな中、朝顔は、母・里子（石田ひかり）と中学・高校の同級生だったという美幸（大竹しのぶ）と出会う。
一方、桑原（風間俊介）は、発砲した件で刑事部長から臨時の審議会への出席を命じられていて...。

朝顔（上野樹里）が所属する興雲大学法医学教室に、新しいアルバイト学生として牛島翔真（望月歩）が加わった。
藤堂（板尾創路）や高橋（中尾明慶）は、また辞められたら困る、という理由から、何かと牛島に気を遣っていた。

一方、長野県警への異動を命じられた桑原（風間俊介）は、非番だった姉の忍（ともさかりえ）に手伝ってもらい、これからひとり暮らしをするマンションで荷解きをしていた。
朝顔と結婚し、万木家で暮らすことになったときの思い出に浸る桑原。

そんな折、法医学教室に解剖の依頼が入る。
海岸の岩場に倒れているところを釣り人が発見した、60代後半と思われる男性の遺体だった。
崖の上に男性のものと思われる靴がそろえてあったことから、自殺の可能性が高かったが、身元がわかるようなものはなかったという。
解剖を手がけた朝顔は、死因は頭蓋骨陥没による失血死と判断するが、遺体の手と爪に褐色森林土と石灰が付着していたことや、全身を骨折している中で右手の中手骨が折れていることが気になっていた。
何かを殴って折れた可能性も考えられたからだった。

ほどなく教授会を終えた茶子（山口智子）が法医学教室に戻ってきた。
が、朝顔から手渡された遺体の資料に目をやると、一瞬表情を変える茶子。
それに気づいた朝顔は、死亡した男性のことを知っているのではないかと茶子に尋ねた。
そこで茶子は、30年前に起きたある事件のことを話し始め...。

朝顔（上野樹里）の夫で、神奈川県捜査一課の桑原（風間俊介）は、田村聖奈（中村里帆）を射殺した容疑で監察官の五十嵐（松角洋平）から厳しい追及を受けていた。
桑原は、聖奈を撃ったのは交際相手の桐谷大和（坂本慶介）だと主張。
自分は、聖奈の背後から彼女に拳銃を向けた桐谷の右足を撃ったと証言した。
だが、その桐谷が焼死体となって発見され、解剖の結果、聖奈が射殺されるよりも前に死亡していたことが明らかになる。
桐谷の解剖を行ったのは朝顔だった。

朝顔は、検視官の丸屋（杉本哲太）に頼み、桐谷の遺体が見つかった現場を見に行く。
だが、それを知った五十嵐は、朝顔の元を訪れると、丸屋をこの事件から外したと告げる。
妻が夫のために記録を改ざんしないとも限らない、というのだ。
続けて五十嵐は、拳銃を撃ち慣れていない桑原の手元が狂った可能性は本当にないのか、と朝顔に問いかけた。
それに対して朝顔は、どんな結果になろうとも自分の解剖に私情を挟むことはない、としながらも、担当を外れることを了承する。

一方、野毛山署の山倉（戸次重幸）らは、事件の発端となった、警察官が拳銃を奪われた現場周辺の防犯カメラ映像を手に入れる。
平（時任三郎）が手配したものだった。
さらに平は、ある人物に会って欲しいと山倉に頼む。
しかし、法医学教室も、野毛山署の刑事たちも、桑原の無実を証明できるような新たな証拠を見つけることはできず...。

朝顔（上野樹里）は、朝になっても帰宅せず、電話にも出ない桑原（風間俊介）のことを心配していた。
テレビからは、昨夜発生した、警察官殺害事件のニュースが流れていた。
犯人は、警察官を襲って拳銃を奪い、現在も逃走中だという。
そこに、仙ノ浦を訪れている平（時任三郎）から電話が入る。
桑原のことを聞いた平は、聞き込みや検問で徹夜なのだろう、と言って朝顔を安心させる。

同じころ、野毛山署管内の港には、神奈川県警の捜査員たちが集まっていた。
横たわっている遺体は、桑原と連絡を取り合っていた田村聖奈（中村里帆）。
彼女は、拳銃で頭を撃たれていた。
神奈川県警管理官の瀧川雄一郎（近藤芳正）は、事件現場に居合わせた桑原を呼ぶよう指示する。
そこに山倉（戸次重幸）ら野毛山署強行犯係の面々が駆けつけた。
しかし山倉らは、事件の詳細すら教えられずに帰されてしまう。

警察官殺害事件の影響で保育園が休みになってしまったため、朝顔は、つぐみ（加藤柚凪）を連れて法医学教室へ出勤する。
藤堂（板尾創路）と絵美（平岩紙）も、小学校が休校になったために息子を連れてきていた。
するとそこに、緊急の解剖依頼が入り、解剖は朝顔が行おうとした。ところが...。

朝顔（上野樹里）は、娘のつぐみ（加藤柚凪）を連れて、祖父・浩之（柄本明）を訪れていた。
そんな朝顔のもとへ、ある遺体を解剖すべきかどうか判断してほしいという連絡が入る。
朝顔が現場へ向かうと、何故かそこには丸屋（杉本哲太）の姿があり、岩手県警の刑事ともめていた。
自宅で遺体となって発見されたのは高齢の女性で、脳梗塞で倒れてから寝たきりだったという。
第一発見者は娘の奈々子（池津祥子）だった。
遺体は死後２日ほど経過しているにもかかわらず、奈々子が通報してきたのは今朝だという。
朝顔は、解剖を行うべきだと丸屋たちに進言する。

同じころ、興雲大学法医学教室では、藤堂（板尾創路）や光子（志田未来）らが、就寝中に強風で飛ばされてきた看板が窓ガラスを突き破り、割れたガラスが刺さって死亡したと思われる男性の遺体の解剖を行っていた。
男性は、右太腿に刺さったガラスを自分で引き抜いたことが原因で、失血死したと考えられた。
だが平（時任三郎）は、遺体の胸の傷が気になり、本当に事故かどうかもう一度現場を調べることにする。

北上医大で解剖を行うことになった朝顔は、光子と絵美（平岩紙）に協力を求め、現地に来てもらう。
その解剖の結果、意外な事実が明らかになり...。
一方、桑原（風間俊介）は、カフェで田村聖奈（中村里帆）という女性と会っていて...。

朝顔（上野樹里）が法医学教室に出勤すると、茶子（山口智子）から「車に閉じ込められているから休む」という電話が入る。
応対した藤堂（板尾創路）は、絶対うその言い訳だと言って気に留めなかった。
一方、平（時任三郎）は野毛山署で思わぬ人物と出会っていた。
万木家とも深い関わりのある忍（ともさかりえ）だ。

そんな中、あるマンションの一室で、20代の若い女性の遺体が発見される。
女性は坂井亜衣（椚ありさ）。職業はウェブデザイナー。
亜衣の姉・美優（高梨臨）から「妹と連絡が取れない」という電話を受けた大家が警察官を伴って部屋に入ると、ベッドに横たわって亡くなっている亜衣が発見されたのだ。

野毛山署強行犯係の刑事たちとともに現場に入った朝顔が遺体を調べると、亜衣は窒息したようで、首にはうっすらとひも状のもので絞められた痕があった。
しかし、大家が部屋に入ったときは、ドアや窓はすべて施錠されていたという。
密室殺人では...と色めき立つ森本（森本慎太郎）ら強行犯係の刑事たち。
事情聴取を受けた美優は「亜衣は交際相手に殺されたのだと思う」と証言するが...。

朝顔（上野樹里）たちが暮らす万木家に、野毛山署強行犯係の係長・山倉（戸次重幸）が突然訪ねてくる。

あくる日、朝顔は、検視官の丸屋（杉本哲太）から電話で呼び出される。
朝顔が向かったのは、山梨と神奈川の県境にある田園地帯だった。
朝顔が、遺体が見つかったという小さな倉庫に案内されると、そこで丸屋と、神奈川県警から山梨県警に異動になった旧知の検視官・伊東（三宅弘城）がもめていた。
「第一報は自分たちの方が早かったのだから山梨県警が調べる」と主張する伊東に対し「この件は神奈川県警がずっと追っていた」といって譲らない丸屋。
すると、伊東とともに現場に来ていた山梨医大の法医が、解剖の予定が詰まっていると言い出したため、この件は朝顔が調べることになる。

神奈川県警の刑事によれば、遺体は農具倉庫で見つかり、第一発見者は所有者が亡くなったために調査に訪れた市の土木課職員だという。
遺体は完全にミイラ化しており、付近に身元を確認できるようなものもなかったため、年齢や死亡時期の特定は困難だった。
そして、奇妙なことに遺体はタキシードを身に着け、蝶ネクタイをしていた。
そこで丸屋は「この遺体は重大事件の容疑者かもしれない」と朝顔に打ち明け...。

野毛山署管内のひと気のない空き地で、男子中学生の遺体が発見される。
休日だった朝顔（上野樹里）は、興雲大学法医学教室からの電話で目を覚ます。
すでに平（時任三郎）は支度を終え、ただちに現場に向かう。
被害者は矢野諒（池田優斗）で、死亡推定時刻は午前５時から６時ごろ。
散歩中だった近隣住民が発見し通報したという。
遺体のみぞおち付近には、大きな皮下出血があった。
また、遺体の横には野球のグローブがあり、ボールが金網の上部に挟まっていた。

その頃、桑原（風間俊介）は、朝顔に代わって娘のつぐみ（加藤柚凪）の面倒を見ることに。
朝顔と遊ぶ約束をしていたつぐみはご機嫌斜めで...。

朝顔は、藤堂（板尾創路）らとともに諒の解剖を行う。
諒は、みぞおち付近の内出血以外、目立った外傷はなく、藤堂は、みぞおち付近に強い衝撃を受けて心臓震とうを起こし、心停止に至った可能性を検視官の丸屋（杉本哲太）や、強行犯係長の山倉（戸次重幸）らに伝えた。
捜査の方向性を決めるために、殴られたかどうかだけでも断定してほしい、と主張する丸屋と、この段階では難しいとする朝顔たちとの議論がヒートアップする中、思わぬ知らせが入る。
連絡を受けて駆けつけようとしていた諒の父親が、階段から落ちて意識不明状態になってしまったというのだ。
諒には母親がいなかったため、身元の確認には祖母の咲江（柳谷ユカ）と、諒の双子の兄・一馬が立ち会う。

万木朝顔（上野樹里）は興雲大学法医学教室に勤める法医学者。
野毛山署強行犯係の刑事である父の平（時任三郎）、夫で神奈川県警捜査一課の刑事・桑原真也（風間俊介）、そして５歳になる娘のつぐみ（加藤柚凪）と笑顔が絶えない幸せな日々を送っている。

ある日、いつものように興雲大学へと向かった朝顔。
するとその途中で、立体歩道橋で発生した群衆雪崩の事故現場に遭遇する。
大きなイベントが予定されていた近くのスタジアムで突然火災報知器が作動し、逃げようとしてパニックになった人々が立体歩道橋に殺到したのであった。

法医学教室では安岡光子（志田未来）、高橋涼介（中尾明慶）、藤堂絵美（平岩紙）、藤堂雅史（板尾創路）らもテレビのニュースで群衆雪崩の映像を見ていた。
20名が病院に搬送され、うち死者４名、意識不明の重体１名の大惨事だった。
主任教授の夏目茶子（山口智子）は海外出張で不在だったが、法医学教室にはすぐに解剖の依頼が入る。

同じころ平は、野毛山署強行犯係の森本琢磨（森本慎太郎）や山倉伸彦（戸次重幸）ら同僚や桑原、検視官の丸屋大作（杉本哲太）らと連携して、事故の原因を調べ始める。
だが、奇妙なことにスタジアムでは火災が発生していなかった上、現場では異臭がしたという証言もあった。

あくる日、群衆雪崩で妻を失ったという佐藤祐樹（松田元太）がマスコミの取材に応じ、これは事故ではなく殺人だ、と訴え...。