ある日、イチケイの部長・駒沢義男（小日向文世）は、合議制で扱いたい案件があると入間みちお（竹野内豊）と坂間千鶴（黒木華）に告げる。
それは、第１審で有罪判決が下された、人気料理研究家・深瀬瑤子（前田敦子）による幼児虐待事件だった。
瑤子は、当時１歳半の長女が泣き止まないことにいら立ち、激しく揺さぶるなどしてケガを負わせたことにより、傷害罪で２年６カ月の有罪判決を受けていた。
だが瑤子は判決を不服として控訴。それを受けて高裁は、審理内容を精査し、地裁に差し戻したのだ。
しかし、実はこの案件、第１審の裁判長を最高裁事務総局の事務総長・香田健一郎（石丸謙二郎）の息子・隆久（馬場徹）が務めた"取り扱い要注意"案件で...。

入間みちお（竹野内豊）は、東京地方裁判所第３支部第１刑事部＜通称：イチケイ＞の刑事裁判官。
先入観に一切とらわれない自由な観察眼と、徹底的に調べ上げる探究心を持ち、弁護士団や検察官の双方から恐れられているクセ者だ。
そんなみちおを見守っているのは、イチケイの部長裁判官・駒沢義男（小日向文世）と、裁判所書記官の石倉文太（新田真剣佑）。
また、主任書記官・川添博司（中村梅雀）姉御肌の裁判所書記官・浜谷澪（桜井ユキ）、新人の裁判所事務官・一ノ瀬糸子（水谷果穂）も、しばしばみちおに振り回されつつ、イチケイを支えているメンバーだ。

そのイチケイに、若くして特例判事補になったエリート・坂間千鶴（黒木華）が赴任する。
東大法学部出身の坂間は、冗談が全く通じない堅物タイプで、迅速さと効率性を重視している。
坂間がイチケイに異動してきた目的は、事件の処理件数が信じられないほど少なく、会社なら倒産レベルの"赤字"状態であるイチケイを立て直すためだった。

駒沢は、さっそく坂間にみちおと組むよう指示する。
みちおを裁判長に、坂間と駒沢の３人で審議する合議制で取り組むことになった起訴案件は、大学生の長岡誠（萩原利久）が、衆院議員の江波和義（勝村政信）に全治1カ月のケガを負わせた傷害事件だった。
実は誠は、江波の秘書だった洋一郎（松澤一之）の息子。洋一郎は、2カ月前、不正献金疑惑で東京地検特捜部がマークし始めた矢先に、電車に飛び込んで自殺を図っていた。

検察側から、みちおのお目付け役として東京地検第３支部に異動してきた井出伊織（山崎育三郎）と、上司の主任検事・城島怜治（升毅）が出廷した第１回公判。
誠は江波の方から先に殴ってきたと証言し、父は自殺ではないと主張した。
するとみちおは、傷害事件のもとになった洋一郎の死の真相を確かめる必要があるとして、捜査権を発動し現場検証を行うと言い出して坂間や井出たちを驚かせる。